Lors d’une sortie sur le terrain, il est possible d’observer les différentes espèces qui vivent dans un même milieu et constituent la biocénose de l’écosystème étudié. Ces êtres vivants interagissent les uns avec les autres par l’intermédiaire de relations diverses : prédation, compétition ou encore parasitisme.

On peut aussi faire des mesures de quelques paramètres physico-chimiques sur le terrain étudié comme le pH et la nature du sol, les facteurs climatiques : température, précipitations, altitude, exposition. Ces paramètres physico-chimiques constituent le biotope de l’écosystème. Ils sont relativement homogènes.

Des interactions existent entre les êtres vivants et les facteurs physico-chimiques, qu’ils soient climatiques ou liés à la nature du sol. Chaque constituant de l’écosystème dépend de ses autres constituants, y compris du sol, de l’eau et de l’air, dont on ne peut les dissocier ; on peut parler d’interactions bio-géo-physico-chimiques.

Un écosystème naturel est constitué d’un biotope et d’une biocénose. Son fonctionnement d’ensemble est permis par la productivité primaire qui, dans les écosystèmes continentaux, repose sur la photosynthèse des plantes vertes.